Powstała w wapieniach górnojurajskich stanowiąc doskonały przykład podziemnej formy krasowej. Długość Jaskini Wierzchowskiej to prawie 1000 m podziemnego labiryntu wiodącego przez bajkowe w wystroju i ukształtowaniu sale i korytarze. To największa jaskinia na terenie Jury Krakowskiej. Jej wnętrze budziło zainteresowanie wśród naukowców już w XIX w. Badania naukowe prowadzone wówczas m.in. przez Jana Zawiszę oraz Gotfryda Ossowskiego dały materialne dowody intensywnego osadnictwa w epoce neolitu (ok. 7 tys. lat).Jaskinia Wierzchowska Podczas prac archeologicznych znaleziono fragmenty naczyń, narzędzi, ślady po ogniskach. Ciekawie prezentują się osady jaskiniowe z punktu widzenia paleontologii. W namulisku natrafiono m.in. na kości niedźwiedzi jaskiniowych, hien oraz innych zwierząt występujących na tym obszarze w epoce lodowcowej.

Na XIX w. przypadł intensywny rozwój ruchu turystycznego. Do pobliskiego Ojcowa zjeżdżali kuracjusze, a część z nich chętnie odwiedzała znaną już wówczas Grotę Wierzchowską. Jako jedna z pierwszych jaskiń w Europie została ona przystosowana do obsługi ruchu turystycznego. Zabezpieczono otwory drewnianą palisadą, zainstalowano wewnątrz oświetlenie z chińskich lampionów oraz przygotowano do dyspozycji zwiedzających przewodników.

Dzisiaj Jaskinia Wierzchowska posiada najdłuższą trasę turystyczną ze wszystkich jaskiń w Polsce. Prowadzi ona krętym Przesmykiem Długim poprzez Salę z Kotłami i Hotelik do największej komory jaskiniowej – Sali Balowej i dalej do Sali Człowieka Pierwotnego. Ściany i strop komór pokrywa ładna szata naciekowa. Dużą atrakcją są nietoperze (gł. podkowce małe) oraz pająki meta menardi. Jaskinię Wierzchowską można zwiedzać z wykwalifikowanym przewodnikiem. Prowadzi przez nią wytyczona, bezpieczna i profesjonalnie oświetlona trasa.Jaskinia Wierzchowska

Jaskinia posiada status pomnika przyrody na terenie Jurajskiego Parku Krajobrazowego “Dolinki Podkrakowskie” oraz stanowi jeden z kluczowych punktów programu turystyczno-rekreacyjnego pod nazwą Pierścień Jurajski.