Powstała w wapieniach górnojurajskich stanowiąc doskonały przykład podziemnej formy krasowej. Długość Jaskini Wierzchowskiej to prawie 1000 m podziemnego labiryntu wiodącego przez bajkowe w wystroju i ukształtowaniu sale i korytarze. To największa jaskinia na terenie Jury Krakowskiej. Jej wnętrze budziło zainteresowanie wśród naukowców już w XIX w. Badania naukowe prowadzone wówczas m.in. przez Jana Zawiszę oraz Gotfryda Ossowskiego dały materialne dowody intensywnego osadnictwa w epoce neolitu (ok. 7 tys. lat). Podczas prac archeologicznych znaleziono fragmenty naczyń, narzędzi, ślady po ogniskach. Ciekawie prezentują się osady jaskiniowe z punktu widzenia paleontologii. W namulisku natrafiono m.in. na kości niedźwiedzi jaskiniowych, hien oraz innych zwierząt występujących na tym obszarze w epoce lodowcowej.